결국, 1965년 6월 22일 한국 정부는 일본 총리관저에서 전 국민적인 반대에도 불구하고 한일기본조약을 정식으로 체결하였다. 하지만 이 조약은 많은 문제점을 안고 있었다. 그것은 바로 일본의 식민지배에 대한 반성, 배상, 독도와 관련된 문제였다.

박정희 정부는 일본으로부터 받은 돈의 일부를 개인보상에 썼다. 1975년부터 1977년까지, 부상자는 아예 보상에서 제외됐고 징병 사망자 역시 근거 자료를 제출한 사망자에 한해서만 1인당 30만 원씩 총 8,552명에게 25억 7,000만 원을, 재산 피해 7만 4,967건에 대해 66억 2,000만 원을 보상했다. 5%만이 보상금으로 쓰인 것이다.

그러나 한일협정을 발표하였을 때 아래 내용은 발표문에서 빠져 있었다.

1952년 1월 18일, 이승만 대통령은 '인접 해양의 주권에 관한 대통령 선언'을 통해, 우리의 독도와 일본의 오키도 사이에 '한일 두 나라 사이에 평화가 유지되기 바란다'는 의미로 평화선(peace line, 이승만 라인)을 긋고, 외국 어선이 그 안으로 침범하는 것을 금지했다. 우월한 장비를 갖춘 일본 어선이 일방적으로 동해를 휩쓸고 다녔던 당시 어업 실태를 감안할 때, 평화선 선포선포세상에 널리 알림. 는 우리 어민들의 생존권과 어족을 보호하기 위해 대단히 유용한 조치였다.

한일어업협정은 박정희 정권이 한일국교정상화를 추진하면 기존의 평화선을 무시하고 자발적으로 합의한 조약이었다. 내용은 다음과 같다.

패전 당시 일본에는 200만 명 이상의 한국인이 있었다. 당시 한국 인구의 약 10%였다. 이들 대부분은 식민지 시대에 일본으로 건너간 사람들이었다. 일본이 패전한 다음 해에 4분의 3이 스스로의 힘으로 귀국했다. 그러나 귀국을 원해도 일본에서 재산을 가지고 나가는 것을 엄격히 금지하거나 한반도의 남북분단에 따른 혼란으로 조국에서 살아갈 길이 막막했기 때문에 약 65만 명이 일본에 남았다. 이들과 그 자손이 현재의 재일 한국(조선)인이 되었다.

한국정부는 1951년 한일예비회담에서 "재일한국인재일한국인일본에 거주하는 한국인이 일본에 정착하게 된 특수한 역사적 배경을 고려하여 다른 외국인과는 다르게 특수한 법적 지위와 처우가 부여되어야한다.", "이들이 일본에 영주하게 되면 교육, 사회보장, 재산권 등의 수익 및 권리행사에 있어서 일본국민과 동일한 처우를 받아야 한다."고 주장했다.

일본정부는 재일한국(조선)인의 특수한 사정을 인정하는 것은 과거 자신들의 잘못을 인정하는 결과가 된다고 생각하여 이를 받아들이지 않았다. 재일한국(조선)인들은 일본인과 똑같이 세금을 내면서도 영주권 문제, 강제퇴거문제 등의 사안이 생길 때마다 차별대우를 받았으며, 취업, 진학, 영업 등에서도 심한 민족적 차별과 불이익을 받아왔다.

한일협정에서 박정희 정부는 이 문제에 대해 일본정부 마음대로 처리하도록 맡겨 버리는 협정을 체결하였다. 재일한국(조선)인들은 여전히 일본사회에서 소외되고 차별받고 있다.